Kolonoskopi girişimi sırasında çok düşük ihtimalle de olsa birkaç çeşit yan etki ile karşılaşılabilir. Kolonoskopi sırasında polip alınması halinde polibin kesildiği zeminden kanama gelişebilir. Bu kanamalar genellikle kendi kendine durar ve çoğu zaman bir müdahale gerekmez. Polip alınma sırasında kanama gelişirse, endoskopist gerekli görmesi durumunda bu alana direk görüş altında kanama durdurucu ilaç injeksiyonu yaparak problemi giderir. Kolonoskopi sırasında oluşabilecek başka bir komplikasyon ihtimali ise polip alınan zeminde gelişebilecek kalın bağırsak yırtılmasıdır. Buna tıpta perforasyon denilir. Bu tarz bir yırtılma gözlenmesi halinde kolonoskopi yi yapan endoskopist endoklip denilen endoskopik metal dikiş tekniği ile yırtılan bağırsak duvarını kapatabilir. Bu komplikasyonlar kolonoskopi sırasında gözlendikleri için o esnada tamir edilmeleri de mümkün olmaktadır. Bir diğer yan etki kolonoskopi den sonra enfeksiyon gelişme ihtimalidir ki pratikte yok den
Endoskopi içi boş organların içinin incelenmesi demektir. Gastroskopi ve kolonoskopi endoskopik girişimler olup uzman doktorlar tarafından uygulanması gerekir.